Salah satu masalah utama ketika Anda hendak me-root peranti adalah keharusan memodifikasi direktori/sistem. Untungnya, bersama kedatangan Android Marshmallow, metode alternatif telah dikembangkan untuk menghindarinya, seperti penggunaan mod yang dapat diinstal melalui sistem ini. Magisk Manager adalah manajer mod yang bisa langsung diinstal dari antarmuka yang padat.